Colossus hjelper kreftforskningen

Kreftforskere bruker Abel og Colossus, UiOs tungregneanlegg,til å finne ut av hvilke gener som kun finnes i kreftceller. Nettmagasinet ISGTW (International Science Grid this week) har en lengre artikkel om denne forskningen og hvordan tungregning blir brukt i arbeidet.

Individuelt tilpasset medisin til kreftpasienter

Det er Senter for kreftbiomedisin ved Universitetet i Oslo og Oslo Universitetssykehus som utfører forskningen, og det er førsteamanuensis Rolf Skotheim som uttaler seg til iSGTW. Hver krefttype, og til og med hver enkelt svulst, har distinkt genmateriale, så når genmaterialet avdekkes, kan hver kreftpasient få individuelt tilpasset medisin.

Tungregning på sensitive data

Noe av utfordirngen med denne forskningen har vært at det ikke er grunnforskning der resultatene anonymiseres. Resultatene og forekomsten av de forskjellige genene må beholde koblingen til personene som har kreft og som skal motta behandling. Denne koblingen gjør dataene til personsensitive data, og til behandlingen av slike personsensitivedata, brukes Colossus, et eget tungregneanlegg som inngår i UiOs IT-tjenester for sensitive data.

Sammenligner sunne celler og kreftceller

For det er først når man vet hva som skiller kreftceller fra sunne celler, at man kan fokusere behandlingen på dette nivået. Kreftcellene inneholder en feil i RNAet, og i søk etter forskjellige typer feil i RNA finner man de forskjellige typene kreftceller. RNA er "oppskriften" DNA bruker til å kopiere seg selv, og når noe er galt i RNAet, blir det feil i alle cellene av den typen som produseres. 

Fantastiske mengder data

Ett RNA-sett består av omtrent 100 millioner baser som kan deles inn i et par tusen baser for hvert gen. Det sier seg selv, at når denne informasjonen skal analyseres og sammenlignes med annet materiale, trenger man kraften fra en tunregneanlegg som Colossus. Selv når Colossus jobber for fullt, kan det ta flere dager å kjøre RNA-analysen for én pasient.

Les mer

Les den spennende artikkelen i iSGTW, der både dannelsen av kreftceller og betydningen av analysene tungregningen brukes til, blir forklart på en god og forståelig måte.

Publisert 28. apr. 2015 08:46 - Sist endret 20. mai 2015 08:32