Frå månader til minutt

Dragen har landa i TSD. Med ny maskinvare på USIT kan analyse av eit sekvensert genom bli utført på 22 minutt. For få år sidan tok dette to til tre månadar, og i 2014 tok det to til tre dagar. 

Til no har TSD (Tenester for Sensitive Data) tilbydt ein sikker server med høgtytande databehandlingsklynge (HPC) for å køyre sekvens-analyse i eit trygt miljø. Dette var ei stor forbetring og gjorde det mogleg for analysane å bli ferdige i løpet av få dagar.

Nyleg bestemte TSD seg for å tilby omics-databehandling* enda raskare fordi HPC-klynga i TSD no tilbyr Dragen-plattformen (Dynamic Read Analysis for Genomics). Plattformen, med det nordisk-klingande namnet, gjer det mogleg å analysere et sekvensert genom på utrulege 22 minutt.

*Omics refererer til eit fagområde innan biologi som endar på «-omics», som «genomics», «proteomics» og «metabolomics».

Einaste i Norden

TSD er dei einaste i Norden som har tilgang til Dragen, og er ein av få i Europa. Enn så lenge er det først og fremst forskarar på UiO som brukar Dragen, men Maria Francesca Iozzi, gruppeleiar for gruppe for forskningstenester, forventar at fleire forskingsmiljø vil ta kontakt i framtida.

– Vi i TSD jobbar i hovudsak med sensitiv data, og det er nettopp for humane data Dragen er optimalisert for.

Det vil seie at det er særleg innanfor helsefaget Dragen er nyttig. Det gjeld spesielt der ein har behov for raske analysar for å berge livsviktige funksjonar, som omfattar fleire av forskingsprosjekta som jobbar i TSD.

Høg kvalitet på kort tid

Ved hjelp av Dragen tek analysen kort tid, men beheld den høge kvaliteten.

Tidsbruken og den høge kvaliteten er også ein fordel for forskingsresultata.

– Ikkje berre får ein raskt svar, men det er mykje enklare å reprodusere analysen for å sikre at resultatet er eintydig og korrekt, seier Iozzi.

BigMed og presisjonsmedisin

Eit av forskningsprosjekta som potensielt kan nyte godt av Dragen er BigMed-prosjektet, leia av Thomas Smedsrud ved Oslo Universitetssjukehus (OUS). I dette prosjektet skal forskarane utvikle løysingar for persontilpassa medisin ved hjelp av Big Data og gensekvensering, såkalla presisjonsmedisin.

Underdirektør for underavdeling for IT i forskning, Gard Thomassen, håpar at Dragen kan bidra til å korte ned tida på genanalysen.

– Om ein for eksempel mistenker at eit nyfødt barn har ein mutasjon, brukar sjukehusa i beste fall to til tre veker på å sekvensere og analysere genomet til pasienten. Med BigMed-prosjektet håpar vi blant anna å finne ut av om Dragen kan nyttast til å få svar i løpet av to til tre dagar (sekvensering + analyse). Då kan ein kjapt finne ut av om det er noko ein må gjere – eller ikkje gjere – for å stoppe eller forhindre for eksempel metabolske problem i hjernen hjå nyfødde, seier han.

Prosjektperioden for BigMed er satt til 2020.

Publisert 6. sep. 2017 14:22 - Sist endret 15. sep. 2017 12:22