Generell daglig støtte til forskning
Norsk Gentisk Analyseplattform
Flytting av Bioportalen til Galaxy rammeverket
B2SHARE-Nordic
Generell daglig støtte til forskning
Gjennom RT-kø og bistand med programvare, forskningsmetoder, prosjektdesign og tjenester som for eksempel innsamling av data via web hjelper gruppen et antall forskere på daglig basis.
Norsk Kostholdsregister
Gruppen bistår Avd for Ernæring ved MedFak (UiO) med å utvikle og gjennomføre www-basert innsamling av kostholdsinformasjon koblet med helsedata for et stort antall nordmenn. Undersøkelsen skal starte våren 2014 og vi er nå i en fase med å utvikle en tjeneste for innsamling av sensitive data basert på minID, Nettskjema og prosjektet Tjenester for Sensitive Data. Hovedbidragsytere fra gruppen er Pål Fuggelli og Gard Thomassen. Kostholdsregisteret yter midler som disponeres av USIT til lønn eller maskinvare.
Elixir Norge
Gruppen vil forsøke så langt det er mulig å bistå Oslonoden av Elixir Norge med utvikling og drift av Galaxy ( i forbindelse med bioportalen etc), i tillegg vil prosjektet Tjenester for Sensitive Data være essensiellt for Next Generation Sequencing forskning på mennesker iogmed at slike data er av sensitiv art. Bistand vil fordre vesentlige bidrag inn til gruppen fra Elixir Norge. Kontaktperson mellom Elixir og gruppen er Gard Thomassen, hovedbidragsytere mot Galaxy er Nikolay V og Katerina M.
Dokumentasjon på Galaxy-biten av dette ligger under "Flytting av Bioportalen til Galaxy"
Norsk Genetisk Analyseplattform (GenAP)
Gruppen (via tidligere VD-gruppen) har en gjensidig avtale med GenAP om samarbeid i dette VerdIKT prosjektet.GenAP ønsker å lage en pilotløsning for å bringe NGS til klinikken, dette fordrer vesentlig bistand innen sikker og god datahåndtering. Gruppen bistår via prosjektet Tjenester for Sensitive Data. GenAP yter lønnsmidler og noe midler til maskiner.
Tjenester for Sensitive Data
Dette er et offisielt USIT prosjekt og er beskrevet nøye her. Kontaktperson og prosjektleder er gruppeleder Gard Thomassen.
Flytting av Bioportalen til Galaxy
Gruppen har (via gamle VD) bistått bioinformatikmiljøet ved Inst for Biologi med utvikling og drift av Bioportalen. Vi har nå vært inne i en prosess der vi ønsker å flytte bioportalen over på Galaxy plattformen grunnet brukervennlighet, stabilitet og at dette er freeware under aktiv utvikling. Gruppen vil videre forsøke å integrere noe av dette arbeidet, samt benytte kunnskapen om Galaxy til å forsøke å hjelpe Elixir Norge og Clarino programmene. Hovedpersonene i gruppen på Galaxy er Nikolay V og Katerina M.
Dokumentasjon av Galaxy implementasjon ved FT
Arkivtjeneste for NorStore
NorStore ønsker en arkivtjeneste for sin nye lagringsløsning. Gruppen bistår i dette arbeidet gjennom Roger N.
Clarino
- Galaxy instanse installert på http://lap-test.uio.no. Applikasjonene som Galaxy skal kjøre er installert av Stefan Oepens gruppe. Forløpig kjører på en lokal server
- NLTK (integrert løsning for linguistisk analyse) er nå installert på Abel.
- Demo av Galaxy som sender jobber til klyngen er planlagt for 31 mars.
Musikkarven
Under konstruksjon...
Nettskjema og SUIT
Gruppen ved Pål er per i dag Tjenestegruppeansvarlig for Nettskjema og bistår forskere og andre UiO-tilknyttede med å lage Nettskjemaspørringer samt tolke data. Per J står for den årlige Spørreundersøkelsen om IT ved UiO, dette utføres for IT-dir og ved hjelp av Nettskjema. Dette selv om webseksjonen er de som utvikler Nettskjema.
Kvalitativ metode
Gruppen avvikler jevnlig kurs i kvalitativ metode i hvert semester. Kursene går hovedsaklig på HyperResearch og Envivo samt statistikk. Kursene er for forskere, PhD studenter og nå også mer og mer for master-studenter. Kva
B2SHARE-Nordic
The project aims at collecting communities requirements for the development of a customised version of the B2SHARE service, developed and deployed with the EUDAT CDI.