Tjenester
Brukerstøtte
- Rådgiving i planleggingsfasen av et forskningsprosjekt med henblikk på IT-støttet metodikk, verktøy, tilgjengelige ressurser, evt. etablering av metodenettverk
- Utviklings- og metodestøtte
- Forskningsdesign, portalløsninger, samarbeidsløsninger
- Førstelinje hjelp for brukere av IT ressursene (”help desk”)
Beregningstjenester
Til-en-hver-tid oppdatert informasjon finnes på wikien vår: hpc.uio.no. Beregningstjenester (HPC, High Performance Computing eller «tungregning») har lenge vært forbeholdt våre tallknusere blant fysikere, kjemikere, folk fra geo-fagene og medisinere. Slik er det ikke lenger. Kraftige regneressurser og tilliggende tjenester er på full fart inn som nødvendige hjelpemidler i andre fag og forskningsfelt – som en forutsetning for å kunne produsere forskning av internasjonal kvalitet og interesse. Beregningstjenester er i ferd med å bli allemannseie.
Alle som bruker IT i forskningen ved UiO er velkommen til å kontakte VD-gruppen for mer informasjon om bruk av tjenestene.
Tilgang
Beregningstjenestene er tilgjengelige for brukere fra UiO og andre norske universitets- og forskningsmiljøer. Tilgangen reguleres gjennom et kvotesystem. Kvoter er i utgangspunktet tilgjengelig for ansatte-brukere, men studenter og stipendiater kan søke gjennom sin veileder/mentor.
- Brukere ved UiO kan søke om lokale kvoter.
- Eksterne brukere kan søke om nasjonale kvoter fra Notur. Eksterne må i tillegg skaffe seg brukerkonto (brukernavn) ved UiO.
Portaler
er felles inngangsdører til beregningsressursene ved UiO. Beregningsportalen er under utvikling og henvender seg i første rekke til brukere av beregningsanlegget titan-klyngen (titan.uio.no) og skal gjøre det lettere for brukeren å få tilgang til ressursene og administrere egen bruk av dem. Tjenestene skal dekke behovene fra et bredt fagspekter. Bioportalen har vært i drift en stund og henvender seg primært til brukere fra biofagene.
TITAN UiOs største beregningsressurs
TITAN (titan.uio.no) er en PC-klynge med flere hundre tett maskiner (noder) med tilsammen flere tusen CPUer (corer). Hver regnenode har typisk 16 GB eller mer hukommelse og 400-900 GB diskplass. Nodene, hver med to eller fire corer, er tett sammenkoplet med superraskt InfiniBand nett og har tilsammen nesten 1 PB lagringskapasitet (Xanadu). Alt i alt er TITAN en meget kraftig «tallknuser». Tekniske spesifikasjoner, oversikt over programvare mm finnes i HPC-wiki.
Programvare
I tillegg til kompilatorer for flere språk har man tilgang til optimaliserte BLAST-rutiner, MPI, OpenMPI m.m. Videre finnes programpakker som Matlab, SAS, SPSS med flere. På vegne av Notur har vi ansvar for flere applikasjoner innen matematikk, biologi og kjemi samt verktøy for programutvikling. Se også UiOs programvarekatalog.
Nasjonale tjenester
Det finnes også interessante beregningsressurser ved de andre universitetene:
Kurs
Vi har til nå kurset i parallellisering og effektiv bruk av Titan. Informasjon om kurs finner du under for ansatte-sidene.
Lagringstjenester
Sikker lagring av vitenskapelige data er et satsningsområde for VD-gruppen. Gruppen er aktiv deltager i NorStore, NorGrid og Datapakken. Brukere med spesielle lagringsbehov kan kontakte VD-gruppen for videre informasjon og/eller samarbeid.
Norestore
NorStore (Norwegian Storage Infrastructure) er et nasjonalt initiativ for å etablere, drive og understøtte en nasjonal infrastruktur for lagringstjenester for ulike typer data rettet mot forskere fra alle fagmiljøer. Infrastrukturen skal gi enkel, sikker og transparent tilgang til distribuerte lagringsressurser med meget stor lager- og overføringskapasitet. Det legges opp til optimal og koordinert utnyttelse og fordeling av ressursene mellom universitetene og andre deltagere.
NorGrid
NorGrid (Norwegian Grid System) er et nasjonalt initiativ for å etablere, drive og understøtte en nasjonal grid-infrastruktur og grid-baserte tjenester for utnyttelse av de nasjonale beregningsressursene. iRODS brukes som Data Grid Management System.
Datapakken
Datapakken er en tjeneste for lagring av elektronisk underlagsmateriale for vitenskapelig arbeid. Når et vitenskapelig arbeid er publisert og registrert i Frida, skal underlagsmaterialet samles og lagres i en datapakke i universitetets elektroniske forskningsarkiv. Hovedhensikten er at arbeidet skal kunne etterprøves ved mistanke om vitenskapelig uredelighet, men man får samtidig et nyttig langtidslager for forskningsdata.
Statistikkstøtte
- Kompetanse innenfor fagfeltet
- Programvare, verktøy og metoder
- Datainnsamling, rådgivning og gjennomføring
- Ressursside
Programmer
Vi har en rekke statistikkprogrammer tilgjengelig: SPSS, S-PLUS, STATA, R, MINITAB, SAS, MATLAB og STATISTICA. Tilgang til programpakkene, lisensiering og kostnader varierer og vi kan tilby grader av brukerstøtte for programmene avhengig av den kompetanse gruppen til enhver tid har.
Statistikkservere
statwin1, statwin2 og statwin3. Dette er tre kraftige og raske statistikkservere med Windows operativsystem og populære statistikkprogrammer installert. Maskinene er et tilbud til alle brukere som har behov for å foreta tyngre statistikkjøringer under Windows utenom egen maskin. Maskinene erstatter Primadonna som ble skrudd av sommeren 2009.
Prosjektgjennomgang
Statistikktjenesten kan gi råd til brukere som står i ferd med å starte på et prosjekt som involverer innsamling og statistisk analyse av data, og som trenger hjelp til fornuftig valg av metode, verktøy og programmer.
Elektronisk datainnsamling
Vi kan gi råd og veiledning ved innsamling av data ved hjelp av systemer for elektroniske surveyer. Videre kan vi tilby rådgivning om tekniske forhold knyttet til bearbeiding og tilrettelegging av innsamlete data med tanke på bruk i et statistikkprogram.
Metodevalg
Vi kan gi noe råd og veiledning i valg av analysemetoder avhengig av krav til faglig og statistisk kompetanse i det aktuelle fagfeltet.
Statistikkressurser
Et naturlig startpunkt for søk etter informasjon om statistikk er wikipedia. Vi har dessuten samlet et utvalg pekere til statistikksider og annet (ressursside) som kan ha interesse for våre statistikkbrukere.
Kurs
Vi kurser normalt ikke i bruk av statistikk software, men har derimot undervist i statistikk for begynnere. Informasjon om kurs finner du under for ansatte-sidene.
Visualiseringsstøtte
IT-støttet visuell framstilling av forskningsresultater er aktuelt i mange fag. Brukere med behov for visualisering kan kontakte VD-gruppen for videre informasjon om tjenester og muligheter som foreligger.
- Kompetanse og rådgiving
- Verktøy og utviklingsstøtte ifht visualisering, web, 3D, GIS, multimedier, mm
- Visualisering for publisering og formidling
Kart
I mange fag opererer man med kartrelatert (stedfestet) informasjon. UiO har felleslisens for den markedsledende programfamilien ArcGis fra ESRI (norsk leverandør er Geodata) for behandling av slike datatyper. Alle UiO-brukere har tilgang til Arc-programmene. Kartsamlinger fra Statens Kartverk er tilgjengelig for bruk i forskningen. For oversikt over produkter og lisensbetingelser viser vi til programvaredatabasen.
Kurs
- Bruk av beregningsressursene: parallell programmering (MPI, OpenMP), effektiv bruk av Titan
- Statistikk
- Kvalitative metoder
Kursmateriale er tilgjngelig på : hpc.uio.no/index.php/Courses
Informasjon om kurs finner du under for ansatte-sidene.
Kvalitativ metode
Kvalitativ metode omfatter blant annet analyse av intervjuer og observasjoner, tekstanalyse, billedanalyse, samt audio- og videoanalyse. Kvalitativ analyse brukes i mange fag ved feks UV, SV og HF.
Programmer. Følgende programmer er tilgjengelig:
Begge programmene kan brukes til analyse av både tekster og audiovisuelt materiale i form av lydfiler, video og digitale foto.
Informasjon
Informasjon om tilgang, bruksbetingelser, nedlasting og installasjon av programmene finnes i programvaredatabasen.
Ressurser
Det finnes en mengde informasjon om kvalitative metoder og analyseprogrammer på nettet. Et naturlig startpunkt for søk er wikipedia.
Vi er i ferd med å bygge opp en dokumentasjonsdatabase med veiledninger, ofte stilte spørsmål og erfaringer med bruk av HyperResearch og NVivo 8 i en wiki. Ønsker du å delta i oppbyggingen av denne wikien, send oss en e-post.
Brukerstøtte
Bruk wikien for å finne svar på spørsmål angående bruk av programvarene. Finner du ikke svaret der, send oss en e-post: kvalitativ-metode@usit.uio.no.
Kurs
Kurs i begynner og videregående bruk av Nvivo og HyperResearch gis flere ganger hvertrt semester. Kursinformasjon finner du under for ansatte-sidene.
Støtte i forskningsprosessen
Samarbeidsverktøy
Lovpålagt sikring av forskningsdata
En del av forskningen ved UiO gjøres på grunnlag av data med personsensitivt innhold. Dette kan være alt fra personregistre for statistiske undersøkelser, audiovisuelt opptak av intervjuer med pasienter til sekvensierte data av menneskelige genomer. Dette stiller ekstraordinære krav til hvordan slike data skal lagres og behandles.
Det er nå flere prosjekter i gang ved USIT for å etablere sikker lagring og behandling av sensitive forskningsdata.