Utredning av LIMS og journalsystem for UiO

Påstartet H2013. Utredningen er ledet av Gard Thomassen (Gruppeleder FT, med støtte av Julie Myhre seksjonsleder Seksjon for administrative IT-tjenester og Hans Eide Seksjonsleder IT i Forskning). Videre har en mer faglig og rent behovsbetont utredning av LIMS behovet ved MATMED gått i parallell ved Computational Life Science v/IFI (CLS) ved Nils Christophersen, Per Grøttum og Gard Thomassen. Denne siden er ment som en oppsummering for begge utredningene.

Generelle erfaringer

• De aller fleste fagmiljø anser seg som unike og at de ikke har overlappende behov, men...
• Det er tydelig behov for organisering av filer og data og metoder i takt med en stadig økende mengde data som inngår i forsningsprosjekt
• Det er behov for fleksibilitet i systemet, ,men gentatte element er :
  • metadata-beskrivelser av (data)filer
  • kontroll på hvor filer er lokalisert
  • arbeidsbeskrivelser
  • gudier og HMS ting er ikke krav "men kjekt å ha"
• Forskningsledere sier det er et akutt behov for mer orden og et system må være slik at det er gevinst i bruken på et tidlig tidspunkt og at det ikke trenger å dekke absolutt alle behov, men at det må dekke opp basisbehovene som et minimum
• Pilotering for å undersøke viljen til og interessen for et system er nevnt som en fremgangsmåte som anbefales
• Forskningsledere er redd for at det er en tung materie å flytte mtp å få brukere inn på slike system, men at det fremtvinges av volumene og krav om sporing og reproduserbarhet.
• Forskningsmiljø som også er kjernefasiliteter/sentre har behov også for booking og fakturasystem
• Et fleksibelt system for kontroll på filer, forsøksdata, forsøkskandidater/dyr og workflows er det som egentlig trengs
• Selve lab-arbeidet avviker for mye, her må et generisk system konfigureres av brukeren selv for å være nyttig

Erfaringer fra intervju med forskningsledere :

Jan Bjaalie (medfak) :

• Behov for orden i et mangfold av filer, protokoller og f.eks oversikt over forsøksdyr
• Metoder har kort levetid, men organisering av data er for "evig"
• Metadata er veldig viktig ved alle (særlig større) forskningsprosjekt, både mtp egen kontroll men også mtp deling av data og reproduserbarhet/sporing
• En grunnleggende LIMS tjeneste ved UiO er av stor interesse
• Systemet bør være generisk, ha lav terskel og gi gevinst fra første bruk
• Use-case modellering av de største labbene ved UiO er å anbefale før valg av system
• Noe som vil drepe et slikt system er treg utvikling eller for lite tilpasningsdyktighet ved systemet i seg selv.
• Kursing og informasjon er viktig
• Nevnte Science Linker som en mulig god kandidat.

NSC ved Kjetill Jacobsen og Lex N (matnat/NSC/CEES) :

• Datamgmt system er absolutt av interesse
• NSC har gjort sin egen LIMS utredning og landet på Genologics, dette er kun ment for sekvensering
• Men et grunnleggende behov kan dekkes av andre LIMS systemer
• Som kjernefasilitet vil de gjerne ha faktura-funksjonalitet integrert
• Kursing og trening på det som er best-practises er viktig
• Det (Selv-)konfigurerbare og generiske LIMS system er ettertraktet.
• Sample og resultat-tracking er ekstremt viktig; reproduserbarhet og sporing

Nils Christian Danbolt  (medfak):

Er en av personene bak Science Linker som er et generisk LIMS system som tilfredsstiller mange av kravene. Danbolt ble intervjet av Gard alene, og det gjaldt kun funksjonaliteten i selve Science Linker (se under).

Ole Sejersted (medfak) :

• Lab med store mengder bilder og data
• Veldig sterkt ønske om et LIMS system for å holde orden på filer og data, sporing av prøver og resultater
• Har undersøkt Science Linker før, men ikke turt å satse på det grunnet manglende backing fra noe ala USIT.
• Deres behov er mye likt med O, H.Stenmark, NorBioimaging med flere
• Sporing fra dyr til prøve til artikkel er viktig og i dag nesten umulig
• Trenger et slikt system både i sensitiv og ikke-sensitiv verden
• Metadata er i høysetet her også

Oddmund Bakke m/flere (IBV, matnat):

• Trenger LIMS funksjonalitet
• Trenger booking og fakturafunksjonalitet i forbindelse med rollen som kjernefasilitet
• Ser også en kommende sterk økning av behov for lagring, analysekraft og båndbredde i forbindelse med søknader på nye 7Tesla maskiner
• Veldig likt behov med O. Sejersted

Ole Andreassen (TOP/JENSEN/UIO/OUS (SFF))

• Viktigste er ferdigstillelsen av TSD (USITs Tjenester for Sensitive Data), alt annet er sekundært.
• Videre behov for LIMS tilsvarende O.Bakke og O.Sejersted
• Har behov for et bedre journalsystem
• Benytter medInSight til en del bokholderi
• Har store datamengder og trenger kontroll på sine data og filer for sporing og reproduserbarhet.

Eivind Hovig (UiO/OUS/Elixir)

• Ikke intervjuet enda

LIMS systemer som har blitt nevnt / vurdert

• Genologics
  • Meget dyrt
  • Interessant for sekvenseringsmiljø
  • Ment for lab-workflows og ikke så mye datakontroll
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• Swisslab
  • Veldig klinisk rettet
  • Brukes ved AMG, OUS, men skal helst fases ut til fordel for Software point (fka C5 LIMS)
  • Ikke velegnet for sekvensering
  • Ikke generisk
  • Kommersielt
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• Biotracker
  • Lite info tilgjengelig
  • Dårlig støtte for sekvensering
  • Lite generisk
  • Ikek veldig overbevisende støtte for kontroll på lokale og eksterne filer
  • Håndterer klassiske lab-oppgaver
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
  • Mer utredning trengs for detaljer
• LabKey Server
  • Freeware
  • Testinstallert på USIT på en VM
  • Fungerer, men tungrodd og en del manglende funksjonalitet mtp filkontroll og metadata
  • Tildels umodent, men brukes av mange store prosjekt i USA.
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• Galaxy NG Lims (freeware)
  • Laget spesielt for sekvensering og lite støtte for generisk lims funksjonalitet for andre målgrupper
  • Tildels umodent
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• MiniLims
  • Rettet mot sekvensering
  • Lettvektsprogramvare, lite egnet for generisk bruk
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• Science Linker
  • Utviklet av eget AS eid av NC Danbolt og en kompanjong. UiO har ingen eierinteresser.
  • Lavt prisnivå vs andre konkurrenter ettersom de er på vei inn i markedet, åpne for samarbeid med UiO
  • Brukes av Folkehelsa på dyrestallen og 3-4 lab´ er ved medfak til alt fra dyreforsøk (18.000 mus), fakturanmottakssystem, inventarprogram, workflowoversikt, HMS funksjonalitet, filorganisering, samarebeidsverktøy, labhåndbok etc
  • Er så generisk at en bruker kan definere sitt eget bruksområde og ta veien videre derfra.
  • Støtter å ha kontroll på filer både lokalt i systemet og distribuert via linker.
  • Har plugin mot epost og bibliotektjeneste (pubmed etc)
  • Utvikling gjøres av eiere og innleide utviklere etter plug-in prinsippet.
  • Programmert i C++
  • Svørt god støtte for basisbehovet
• MISO
  • Freeware
  • Rettet mot dypsekvensering og PacBio maskiner
  • Lite generisk
  • Liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• PIMS LIMS
  • Freeware
  • Har ikke støtte for dypsekvensering
  • Lite kjent ellers
  • Antatt liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• Graphlogic
  • Ikke på markedet lenger
• Software point (fka C5 LIMS)
  • Valgt av HSØ som LIMS systemet for OUS, antatt veldig våtlabsrettet, men lite detaljer kjent
  • Antatt kostbart
  • Antatt svært lite generisk
  • Antatt liten støtte for basisbehovet (definert under generellt)
• goLIMS :
  • Anbefalt fra Sverige, men ikke utredet enda
• open source BiKa
  • Anbefalt fra Sverige, men ikke utredet enda
• oBiBa
  • Anbefalt fra Sverige, men ikke utredet enda

Journalsystem som har blitt nevnt / vurdert

• Ikke navngitt system fra Univ i Umeå (brukes i Lund og Gøteborg også, freeware)
  • Gis bort mot samarbeid
  • 1-3 personer ved Psykoligsk Inst Umeå som kjenner systemet godt.
  • Basert kun på windows MS Office software + plugins : AD, MS Office, Exchange, Sharepoint, Excel, Infopath,
  • Laget for å støtte psykologi-journalbehovet ved UiU, men enkelt å lage andre versjoner basert på dagens layout. Utviklere anser det som mindre jobb å tilpasse systemet til et annet journalkrevende fagmiljø enn det er å avklare fagmiljøets ansvarsavgrensninger og workflows som ligger til grunn for implementasjonen.
  • Har alle behov dekket for PSI ved UiO og systemet fremstår som enkelt.
  • Systemet vil også tjene TOP/Jensen (Ole Andreassen) og Ernæring (Rune Blomhoff) godt med mindre og enkle endringer.
  • Detaljer her

Annet

Under utredningen kommer det tydelig frem at det å dekke basisbehovet ville hjulpet svært mange forskningsmiljø ved UiO, da ikke minst de som produserer mest og best. MLS/CLS burde se behovet som så stort at de kan bidra med utviklings og driftsmidler for prosjektet i tillegg til eventuelle porteføljemidler til USIT for utvikling / drift.